Suatu hari yang menentukan, Yuuji Sakai berhenti menjadi siswa sekolah menengah biasa—dia terjebak dalam celah waktu dan tiba-tiba diserang oleh Penghuni. Datang untuk menyelamatkannya tepat pada waktunya adalah seorang pemburu tanpa nama yang tampaknya tidak berbeda dari gadis muda biasa kecuali matanya yang menyala-nyala dan rambut merah menyala. Namun, sebelum Yuuji dapat mempelajari lebih lanjut tentang situasinya, dia menemukan bahwa dia telah direduksi menjadi Obor — hanya secarik memori yang menunggu untuk dipadamkan. Sakai Yuji yang berusia 15 tahun dulunya adalah siswa biasa, tetapi suatu hari kehidupan normal itu berakhir, ketika dia diserang oleh monster, Guze no Tomogara, dari dunia lain yang mengubah manusia menjadi cahaya yang dapat dimakan. Beruntung Yuji diselamatkan oleh Enpatsu Shakugan no Uchite, seorang gadis dengan rambut terbakar dan mata merah. Meskipun ketika dia mengatakan kepadanya, \”Kamu tidak ada lagi.\”, Yuji tahu bahwa kehidupan normalnya telah berakhir… Shana dan Alastor — Penguasa Alam Merah — terus melakukan pertempuran dengan Guze no Tomogara , yang mencoba mencuri Kekuatan Keberadaan dari manusia. Dalam pertempuran terakhir, Yuji diturunkan menjadi mystes, obor dengan Kekuatan Keberadaan yang hampir tak terbatas. Karena Tomogara ingin menangkap Yuji dan menggunakannya untuk mengganggu keseimbangan Alam, Shana memutuskan untuk melindungi Yuji. Yuji kemudian bersumpah untuk bergabung dengan Shana dalam pertarungannya. Baik Shana dan Kazumi berdiri di lokasi masing-masing menunggu Yuji bertemu dengan salah satu dari mereka, hanya untuk menemukan bahwa Yuji telah menghilang, bahkan tidak ada sedikit pun bukti keberadaannya yang tertinggal. Namun semuanya tidak hilang, karena surat yang mereka berdua kirimkan kepadanya masih memberikan harapan akan kelangsungan hidup Yuji. Saat Shana dan kawan-kawan mencari jawaban atas keberadaan Yuji, mereka segera menemukan kebenaran yang menatap mereka saat Yuji muncul kembali di depan mereka sebagai pemimpin Bal Masqué. Tidak punya banyak pilihan, Shana sekarang harus menghadapi musuhnya yang paling tidak terduga di medan perang dalam tantangannya yang paling sulit.