Kazuto Kirigaya termasuk di antara sedikit orang beruntung yang mendapatkan kiriman pertama. Dia masuk untuk menemukan dirinya, dengan sepuluh ribu lainnya, di dunia Aincrad yang indah dan rumit. Namun, dalam peristiwa yang kejam, para pemain segera menyadari bahwa mereka tidak dapat keluar; pembuat game telah menjebak mereka di dunia barunya hingga mereka menyelesaikan semua seratus level game.

Untuk melarikan diri dari Aincrad, Kirito sekarang harus berinteraksi dan bekerja sama dengan sesama pemain. Beberapa adalah sekutu, sementara yang lain adalah musuh. Sword Art Online tidak semuanya menyenangkan dan permainan: jika mereka mati di Aincrad, mereka mati di kehidupan nyata. Kirito harus beradaptasi dengan realitas barunya, berjuang untuk kelangsungan hidupnya, dan semoga terbebas dari neraka virtualnya. Setahun setelah kabur dari Sword Art Online, Kazuto Kirigaya telah kembali ke dunia nyata. Namun, kedamaiannya berumur pendek karena insiden baru terjadi dalam game bernama Gun Gale Online, di mana seorang pemain bernama Death Gun tampaknya membunuh orang di dunia nyata dengan menembak mereka dalam game. Didekati oleh pejabat untuk membantu menyelidiki pembunuhan tersebut, Kazuto mengambil persona Kirito sekali lagi dan masuk ke Gun Gale Online, berniat menghentikan si pembunuh. Soul Translator adalah antarmuka yang berinteraksi dengan Fluctlight pengguna—teknologi yang setara dengan jiwa manusia—dan pada dasarnya berbeda dari metode pengiriman sinyal ortodoks ke otak. Institut swasta Rath bertujuan untuk menyempurnakan kreasi mereka dengan meminta bantuan Kazuto Kirigaya. Dia bekerja di sana sebagai karyawan paruh waktu untuk menguji kemampuan sistem di ranah yang dihasilkan oleh Soul Translator. Sesuai dengan kontrak kerahasiaan, ingatan apa pun yang dibuat oleh mesin di dunia virtual akan dihapus saat kembali ke dunia nyata. Kazuto hanya samar-samar mengingat satu nama, Alice, yang menimbulkan rasa tidak nyaman.

Saat Kazuto mengantar Asuna Yuuki pulang suatu malam, mereka bertemu dengan musuh yang sudah dikenal. Kazuto terluka parah dalam pertarungan berikutnya dan kehilangan kesadaran. Ketika dia sadar, dia menemukan bahwa dia telah melakukan penyelaman penuh ke Dunia Bawah dengan tampaknya tidak ada cara untuk melarikan diri. Dia memulai pencarian, mencari jalan kembali ke dunia fisik sekali lagi. Terlepas dari kekalahan Quinella—pontifex dari Gereja Axiom—segalanya masih belum tenang. Saat menghubungi dunia nyata, Kazuto \”Kirito\” Kirigaya mengetahui bahwa Ocean Turtle—pelampung besar yang dikendalikan oleh Rath—digerebek. Karena arus pendek tiba-tiba yang disebabkan oleh perampok, fluctlight Kirito rusak, membuatnya koma. Merasa tidak aman dengan orang-orang di Gereja Axiom, Alice membawa Kirito yang tidak sadarkan diri kembali ke kampung halaman mereka—Desa Rulid, mengabaikan pengusirannya karena kejahatan yang belum terselesaikan. Sekarang, Alice menjalani kehidupan biasa dan damai di dekat desa, berharap agar Kirito bangun.

Namun, tragedi terjadi ketika Alice menyadari bahwa Tanah Kegelapan sudah mulai menginvasi Kerajaan Manusia. Mengembalikan alias sebelumnya, Alice Synthesis Thirty, dia berjanji untuk mengalahkan Dark Territory untuk mempertahankan dunia yang Kirito dan Eugeo bekerja keras untuk lindungi.